DNAMAN:为高效序列分析提供了一个功能多样的集成系统

DNAMAN

 

Lynnon Biosoft为世界生物科学和非信息科学的研究和开发平台开发了激动人心的生物软件。我们的产品，DNAMAN软件包，为序列分析和数据挖掘提供了一个有效的工具包。

 

什么是DNAMAN？

DNAMAN是一个面向分子生物学应用的软件包。该软件包为高效序列分析提供了一个功能多样的集成系统。您不再需要一个程序来进行限制性分析，而需要其他程序进行多序列比对、设计PCR引物、蛋白质序列分析或绘制质粒。。。DNAMAN为您完成所有这些任务。

 

DNAMAN的速度、多功能性、精确性和高质量的演示使其成为每个分子生物学家可以依赖的基本工具之一。DNAMAN是众多同行评议的科学期刊中被高度引用的序列分析软件。它也是一个序列分析软件包，每个大学、研究机构、实验室和研究科学家都能负担得起价格。

 

DNAMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三种平台上的DNAMAN文件共享相同的格式。DNAMAN的通用格式系统方便了Windows、Mac OSX和Linux之间的通信，使您的工作平台独立。

 

亮点

• 发布DNAMAN Version 10
• 绿色承诺：DNAMAN实现无纸化——所有软件产品通过互联网交付
• 提供学生价格
• 发布DNAMAN for Linux
• 发布适用于Mac OSX的DNAMAN

 

DNAMAN Version 10

 

特点	DNAMAN X	DNAMAN XL
序列编辑与转换 支持GenBank、FASTA、GFF等文件	是	是
使用命令行和脚本进行序列转换	否	是
多序列比对 支持ClustalW、GCG、GDE等文件	是	是
使用命令行和脚本进行多重对齐	否	是
顺序组装 具有图形界面的快速对齐算法	是	是
带命令行和脚本的序列汇编	否	是
PCR引物设计 图形界面优化选择	是	是
批处理和脚本	否	是
序列数据库 Sqlite3数据库引擎	是	是
支持MySQL和Microsoft SQL server	否	是
DNA限制性分析 直观的用户界面和可定制的酶数据库	是	是
使用命令行和脚本进行限制分析	否	是
成对序列分析与点图	是	是
DNA/RNA二级结构分析	是	是
序列搜索与爆炸分析	是	是
系统发育分析	是	是
蛋白质序列分析	是	是
蛋白质二级结构预测	是	是
翻译/反向翻译/密码子优化	是	是
寡核苷酸序列分析	是	是
序列注释和传输	是	是
批处理和通用脚本	否	是
自定义菜单命令	否	是
高级支持服务 提供深度知识，24小时响应	否	是

 

DNAMAN :序列分析集成系统

 

 

Windows、OSX和Linux上的DNAMAN桌面

 

DNAMAN for Windows

DNAMAN for OSX

 

DNAMAN for Linux

 

序列处理和转换

 

顺序输入

DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式，如GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活动序列保存在内存中以实现快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN桌面上访问。

 

序列合成与转换

DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将一个序列转换为它的反向、互补、反向互补、双链和RNA序列。

 

序列搜索

DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、一致序列、开放阅读框、重复序列。小干扰RNAs (siRNAs)选择工具可用于提高siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于网络的序列服务器执行BLAST搜索。

 

约束分析

DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供了直观的接口。结果可显示为文本、限制性图谱和限制性模式（琼脂糖凝胶）。其他工具包括电子克隆、从片段重建限制性图谱、沉默突变和定向错配。

 

顺序组装

DNAMAN使用快速和精确的对齐算法来组装大量的序列。跟踪文件可直接用于程序集。SNP可以通过组装序列集进行验证。

 

序列同源性分析

 

点阵图

大序列可以在DNAMAN中用点图分析同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。

 

双序列比对

DNAMAN提供了许多快速或优化的算法来对齐两个DNA或蛋白质序列。

 

多序列比对

DNAMAN使用ClustalW算法（Feng Doolittle和Thompson）进行最优对准，而全局对准算法（Wilbur和Lipman）用于快速对准。DNAMAN中的三种最佳对准方式提供了高质量的对准结果。使用快速比对方法，您可以快速对齐大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐方式。

 

系统发育分析

DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵，并在所有序列对之间建立相关距离。它可以生成距离矩阵，并从多个比对中绘制系统进化树或同源树。Bootstrapping分析可用于系统发育树的置信值。

 

引物分析

 

PCR引物设计

DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域、PCR产物的大小、引物特性、反应条件和引物配置来优化引物筛选。

 

其他功能

寡引物可以分析熔融温度、互补性、错配、沉默突变和定向错配。

 

蛋白质序列分析

DNAMAN为蛋白质序列分析提供了多种工具，包括从两个DNA起始的所有六个阅读框中进行翻译、遗传密码表的变化、阅读框架概述、密码子使用分析、氨基酸组成、亲水性曲线、电荷和π分析、二级结构预测和反向翻译。

 

DNAMAN数据库管理

DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA/蛋白质序列和寡核苷酸序列。

 

LBdraw：为分子生物学家而设计的

 

用于Windows的内置DNAMAN互联网/内网浏览器

DNAMAN提供了一个集成的网络浏览器来访问互联网或内网。

 

您可以从浏览器加载序列进行直接分析。

 

您也可以使用互联网上的服务器。

 

常见问题解答

 

我在我的研究项目中使用了DNAMAN。我如何在我的出版物中引用？

我们非常感谢您引用DNAMAN序列分析软件。请看看DNAMAN是如何在同行评议的期刊上引用的。

 

什么是Home & Student许可证？我可以购买这个版本而不是单一用户许可证吗？

DNAMAN Home & Student许可证适用于学生（包括毕业生、博士和博士后），他们希望将该计划用于与分子生物学和生物信息学相关的学校或家庭项目。Home & Student版提供了与DNAMAN其他版本相同的功能。如果您打算使用DNAMAN来推进学术或工业应用的研究项目，您可能不会购买此版本。

 

如何手动更新DNAMAN for Windows？

使用Windows Explorer浏览DNAMAN程序文件夹（通常为C:\program Files（X86）\DNAMAN）。找到文件LBUpdate.exe文件然后右键单击它。Windows将显示一个上下文菜单并选择“Run as Administrator”。DNAMAN将检查Lynnon网站上可用的更新，并将自己更新到您的许可版本的最新版本。

 

如何手动更新DNAMAN for OSX？

打开终端窗口并发出命令：sudo/Applications/DNAMAN/lcupdate。系统将要求您输入密码并输入密码。DNAMAN将检查Lynnon网站上可用的更新，并将自己更新到您的许可版本的最新版本。

 

我已经下载了DNAMAN演示文件。现在我下一步该怎么办？

找到下载的文件（通常在Downloads文件夹中）并双击它开始程序安装。按照屏幕上的说明完成设置。

 

在安装DNAMAN演示程序时，我被要求输入用户名和序列号。

选中“设置为演示”选项，不要在用户名和序列号字段中输入信息。

 

DNAMAN显示评估期已过期。如何继续使用该软件？

DNAMAN演示版在安装后有45天的试用期。免费试用期过后，您可能无法使用DNAMAN演示版。重新安装演示版不会延长试用期。如果您希望继续使用DNAMAN，请联系Lynnon Biosoft购买适当的许可证。

 

我已经在我的计算机上安装了DNAMAN程序，但我不知道如何使用它。

如果您是第一次使用DNAMAN，您可以按照以下说明进行操作。

要执行序列分析：

1. 选择File | Open菜单。
2. 从“Open File”对话框中选择“Example1文件”。单击“Open”按钮。
3. 选择Restriction | Restriction Analysis菜单，对Example1进行约束分析。
4. 限制性分析后，选择Protein | Translation菜单将Example1翻译成氨基酸序列。

 

要绘制无顺序的限制地图，请执行以下操作：

选择“Restriction | Draw Map”菜单。在限制图窗口中绘制质粒图。双击窗口以显示地图属性并进行修改。

 

提示：通过拖放可以移动限制地图中的所有对象。选择限制站点和文本对象时，可以将它们对齐。

 

DNAMAN能处理的最大序列是什么？

理论上，DNAMAN可以处理高达2千兆碱基（2x109）的序列。真正的限制是计算机的能力和资源。我们已经用10兆碱基序列对程序进行了测试，用于限制分析和序列搜索。多重比对和序列组装的功能在序列处理中有不同的局限性。

 

多重比对的局限性是什么？

最多可以使用32000个序列，最大长度为64000个碱基。同样，限制是计算机的能力和资源。我们已经成功地将约300个氨基酸的1000个序列与该程序进行了比对。

 

序列组装的局限性是什么？

您可以使用多达32000个DNA片段，最大长度为1千兆碱基。同样，限制是计算机的能力和资源。我们用这个程序成功地组装了5000个序列，大约有2000个碱基。

 

Windows和OSX DNAMAN版本之间的主要区别是什么？

DNAMAN for Windows有一个集成的Web浏览器，Mac OSX版本没有。DNAMAN for Windows包括一个绘图程序LBDraw，但是Mac OSX版本没有。

 

我可以使用DNAMAN中的其他程序吗？

是的，您可以。使用“File | Run”菜单启动程序。有一个选项可以在DNAMAN桌面上显示结果。

 

DNAMAN浏览器的作用是什么？我可以用我最喜欢的浏览器代替集成的吗？

DNAMAN浏览器设计用于浏览外网或内网上的序列和数据库，并直接用于分析。通过选择“Info | Settings”菜单，您可以选择使用您最喜爱的浏览器。

 

DNAMAN的哪些功能是多线程的？为什么？

多线程函数将繁重的计算任务分成并行运行。多线程DNAMAN是多线程对齐。您可以同时启动多达16个多重对齐进程。序列组装功能也是线程化的。从多个路线生产树木也属于这一类。