DNAMAN 答疑: 我可以使用DNAMAN中的其他程序吗？

DNAMAN 常见问题解答

 

 

我在我的研究项目中使用了DNAMAN。我如何在我的出版物中引用？

我们非常感谢您引用DNAMAN序列分析软件。请看看DNAMAN是如何在同行评议的期刊上引用的。

 

什么是Home & Student许可证？我可以购买这个版本而不是单一用户许可证吗？

DNAMAN Home & Student许可证适用于学生（包括毕业生、博士和博士后），他们希望将该计划用于与分子生物学和生物信息学相关的学校或家庭项目。Home & Student版提供了与DNAMAN其他版本相同的功能。如果您打算使用DNAMAN来推进学术或工业应用的研究项目，您可能不会购买此版本。

 

如何手动更新DNAMAN for Windows？

使用Windows Explorer浏览DNAMAN程序文件夹（通常为C:\program Files（X86）\DNAMAN）。找到文件LBUpdate.exe文件然后右键单击它。Windows将显示一个上下文菜单并选择“Run as Administrator”。DNAMAN将检查Lynnon网站上可用的更新，并将自己更新到您的许可版本的最新版本。

 

如何手动更新DNAMAN for OSX？

打开终端窗口并发出命令：sudo/Applications/DNAMAN/lcupdate。系统将要求您输入密码并输入密码。DNAMAN将检查Lynnon网站上可用的更新，并将自己更新到您的许可版本的最新版本。

 

我已经下载了DNAMAN演示文件。现在我下一步该怎么办？

找到下载的文件（通常在Downloads文件夹中）并双击它开始程序安装。按照屏幕上的说明完成设置。

 

在安装DNAMAN演示程序时，我被要求输入用户名和序列号。

选中“设置为演示”选项，不要在用户名和序列号字段中输入信息。

 

DNAMAN显示评估期已过期。如何继续使用该软件？

DNAMAN演示版在安装后有45天的试用期。免费试用期过后，您可能无法使用DNAMAN演示版。重新安装演示版不会延长试用期。如果您希望继续使用DNAMAN，请联系Lynnon Biosoft购买适当的许可证。

 

我已经在我的计算机上安装了DNAMAN程序，但我不知道如何使用它。

如果您是第一次使用DNAMAN，您可以按照以下说明进行操作。

要执行序列分析：

1. 选择File | Open菜单。
2. 从“Open File”对话框中选择“Example1文件”。单击“Open”按钮。
3. 选择Restriction | Restriction Analysis菜单，对Example1进行约束分析。
4. 限制性分析后，选择Protein | Translation菜单将Example1翻译成氨基酸序列。

 

要绘制无顺序的限制地图，请执行以下操作：

选择“Restriction | Draw Map”菜单。在限制图窗口中绘制质粒图。双击窗口以显示地图属性并进行修改。

 

提示：通过拖放可以移动限制地图中的所有对象。选择限制站点和文本对象时，可以将它们对齐。

 

DNAMAN能处理的最大序列是什么？

理论上，DNAMAN可以处理高达2千兆碱基（2x109）的序列。真正的限制是计算机的能力和资源。我们已经用10兆碱基序列对程序进行了测试，用于限制分析和序列搜索。多重比对和序列组装的功能在序列处理中有不同的局限性。

 

多重比对的局限性是什么？

最多可以使用32000个序列，最大长度为64000个碱基。同样，限制是计算机的能力和资源。我们已经成功地将约300个氨基酸的1000个序列与该程序进行了比对。

 

序列组装的局限性是什么？

您可以使用多达32000个DNA片段，最大长度为1千兆碱基。同样，限制是计算机的能力和资源。我们用这个程序成功地组装了5000个序列，大约有2000个碱基。

 

Windows和OSX DNAMAN版本之间的主要区别是什么？

DNAMAN for Windows有一个集成的Web浏览器，Mac OSX版本没有。DNAMAN for Windows包括一个绘图程序LBDraw，但是Mac OSX版本没有。

 

我可以使用DNAMAN中的其他程序吗？

是的，您可以。使用“File | Run”菜单启动程序。有一个选项可以在DNAMAN桌面上显示结果。

 

DNAMAN浏览器的作用是什么？我可以用我最喜欢的浏览器代替集成的吗？

DNAMAN浏览器设计用于浏览外网或内网上的序列和数据库，并直接用于分析。通过选择“Info | Settings”菜单，您可以选择使用您最喜爱的浏览器。

 

DNAMAN的哪些功能是多线程的？为什么？

多线程函数将繁重的计算任务分成并行运行。多线程DNAMAN是多线程对齐。您可以同时启动多达16个多重对齐进程。序列组装功能也是线程化的。从多个路线生产树木也属于这一类。