PrimerPlex ：多重PCR引物设计软件！

PrimerPlex是一种高效、复杂的多重PCR引物设计工具。多重分析有助于在一个反应容器中扩增多个靶点，从而减少实验的时间和成本。

 

 

多重聚合酶链反应和高通量单核苷酸多态性基因分型及分析的寡核苷酸设计

 

PrimerPlex是一种高效且复杂的工具，用于设计用于多重分析的低聚物。多重分析有助于在一个反应容器中扩增多个目标，从而减少实验的时间和成本。

 

 

多重聚合酶链反应的引物设计提出了几个挑战，包括引物二聚体、无法分离具有类似电泳迁移率的扩增子以及由于非特异性结合到非靶DNA模板而导致的启动错误。PrimerPlex使用专有算法设计100多个序列在均匀反应条件下的最佳多重引物集。在筛选池中的所有引物并最小化TM不匹配后，识别引物组，以确保特定放大和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多路复用引物集，并给出了一个备选集列表。您可以在设计的引物对中指定最小的产品尺寸差异，以更好地显示凝胶上的带状物。为了确保引物的特异性，引物可以从PrimerPlex中针对NCBI的任何可用基因组数据库进行BLAST搜索。

 

对于单核苷酸多态性基因分型研究，PrimerPlex设计单核苷酸多态性侧翼引物。结果包括每一个DNA模板的引物对，具有产品尺寸、退火温度和其他理化低聚物特性。二级结构的图形显示也有助于确定它们是否会阻碍反应。

 

多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标富集、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还为高通量SNP基因分型分析设计了最佳等位基因特异性捕获探针和等位基因特异性引物延伸（ASPE）引物。

 

特点

 

多重单核苷酸多态性检测和高通量基因分型

使用PrimerPlex，您可以设计多个位于SNP两侧的PCR引物，在3'端具有SNPs的ASPE引物，并在其中心捕获具有SNPs的探针。PrimerPlex使您能够通过为每个中等大小的基因组序列设计寡核苷酸来检测所有的突变。检查这些引物和探针的多路复用，并显示最佳设置。

 

多重PCR引物设计

设计适合多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计最佳的多路引物集，最大限度地减少TM不匹配。对所有组进行交叉反应性分析，以确保特定和有效的放大。您可以从以不同排序顺序显示的备选方案列表中选择最适合您的实验需求的方案集。使用PrimerPlex，您可以灵活地设计出从3'端、5'端、到这些端的指定距离或序列中的任何位置的引物。

 

对于SNP基因分型分析，程序设计引物侧翼突变，如SNP、DIP（缺失/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性）。

 

综合分析支持

利用Primerplex，设计用于多重PCR、ASPE和直接杂交分析的寡核苷酸。对低聚物进行交叉反应性筛选，以确保高信号强度，最大限度地减少TM不匹配。寡核苷酸被筛选为二聚体，运行和重复。

 

下一代测序分析

使用PrimePlex，设计用于预测序样品制备和突变检测的复合寡核苷酸，如单核苷酸多态性、DIP（删除/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性），只需点击几个按钮即可。

 

引物特异性

程序BLAST在一次搜索运行中搜索多个序列。在引物设计过程中，结果会自动解释，并避免识别出的同源性，确保设计是高度具体的。

 

评估预先设计的引物和探针

PrimerPlex可以使用预先设计好的经过验证的寡头来构建多路复用集。在为每个序列指定了寡头之后，分析它们的属性，并警告用户所发现的任何偏差。对于没有预先设计的寡头的序列，PrimerPlex设计它们，检查它们是否存在多路复用，如果存在兼容性问题，则突出显示兼容性问题。然后，用户可以决定接受设计或创建一个单独的池子。此功能可完全控制用户。

 

添加MagPlex TAGs

该程序现在还支持MagPlex TAGs数据库以及MicroPlex xTAGs（以前称为FlexMAP TAGs），以便自动地向每个ASPE引物添加适当的标签。标签的选择使二聚体最小化，不会折叠到所附的寡头上。此外，用户可以覆盖程序的建议并自己选择一个标签。PrimerPlex会提醒用户标签是否唯一，或者所选标签是否与寡头不兼容。