标准PCR分析的引物设计
Primer Premier是设计和分析PCR引物更全面的软件。
Primer Premier的搜索算法使用最近邻的热力学算法找到最佳的PCR、多重和SNP基因分型引物，其熔点最精确。引物筛选二级结构，二聚体，发夹，同源性和物理性质，然后生成最好序列的报告，并按顺序排列。还配备了一个方便的计算器，您可以轻松地操作序列和分析您的引物设计的结果。
从NCBI加载感兴趣的基因，选择一个搜索范围，然后就可以坐下来等待Primer Premier为您选择最好的引物。
SNP基因分型分析的引物设计
使用Primer Premier，可以从dbSNP加载序列，并选择在SNP两侧设计的引物。通过在标准GenBank/dbSNP文件中将它们指定为变异特征，还可以加载数百个未发布的SNP。在指定了单核苷酸多态性之后，可以设计引物来扩增它们以便使用基于探针的化学方法进行检测。
多重分析
对于多路复用实验，Primer Premier使您能够批量启动引物搜索。然后检查所设计引物的交叉反应性，从而减少误涂。
自动同源和模板结构避免
Primer Premier自动诠释BLAST搜索结果，并避免那些区域设计与数据库具有显著交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中突出显示，并在引物搜索期间绕过它们。
由于在延伸温度下存在模板结构，可能会阻碍引物的延伸。为了避免模板自身折叠的所有区域，程序使用专有算法在指定的折叠温度下检查模板内可能的二级结构。在序列图中，二级结构形成所涉及的区域被划下了线，并且在设计引物时被绕开。
避免同源区使得寡头具有高度的特异性，避免模板结构提高了所设计引物的效率。
手动Primer搜索
Primer Premier为用户提供了对引物设计的完全掌控。使用手动初级搜索选项，用户可以选择模板序列上的任何位置来设计一个感知或反感知的引物。Primer Premier会立即计算并显示新引物的属性。用户最终选择的引物将显示在主窗口的序列视图中。
编辑模板序列
模板序列是可编辑的，用户可以更改。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基序列。使用“删除”按钮可以删除不需要的序列区域。用户可以对序列进行备注或注释，并将其保存以供将来参考。
特点
新的改进搜索算法
新的改进搜索算法。
自动同源和模板结构避免。
序列视图显示序列上的引物。
新改进的图形用户界面。
自动序列检索
使用登录号/ GI号和分析ID，从GenBank和dbSNP中快速检索批量序列到程序中。使用多检索功能，可以从本地驱动器加载序列。
自动同源和模板结构避免
通过执行BLAST搜索和从程序中搜索模板结构，可以实现引物的特异性。这两个搜索的结果将在设计引物时使用。在引物设计过程中，会自动避免出现明显的交叉同源性和模板结构的区域。
评估预先设计的引物
Primer Premier分析和评估预设计的引物的特性，并对其进行排名，以便您调整引物与所需目标值之间的距离。如果您使用的是已发布或预先设计好的并且经过验证的引物，则此功能尤其有用。也可以评估5个不匹配的引物。
对于特定的引物，Primer Premier甚至可以设计一个兼容的套件。例如，对于预先设计或发布的正向引物，Primer Premier可以找到满足所有设计标准的兼容反向引物。
您可以评估正向/反向引物或引物对，甚至不必输入模板序列。Primer Premier显示所分析的寡头的所有属性，并以HTML或CSV文件格式导出它们。初级读物的排序使您能够判断它们与目标值的接近程度。
手动Primer搜索
Primer Premier为用户提供了对引物设计的完全控制。使用手动引物搜索选项，用户可以单击模板序列上的任何核苷酸，以在其选择的位置获取引物。Primer Premier设计了一个3'端位于该核苷酸的引物，并立即分析其性质。Primer的长度也可以增加/减少，以方便用户使用。对于诱变和克隆，此功能有助于在其他受限区域获得最佳设计。Primer Premier使引物序列沿着DNA序列“滑动”，实时地显示属性，使用户能够可视化地定位寡头的最佳位置。
编辑模板序列
您可以编辑模板序列。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基序列，使其在感兴趣的位置归零。通过选择序列中不需要的区域并单击“删除”，可以删除它们。该程序还允许用户为序列添加备注或注释，以供将来参考。
序列视图
所选序列可在3或10个碱基/块、单链或双链中查看。设计的引物有标记，感应漆为蓝色，反漆为红色。所选的单核苷酸多态性标记为粉红色。同源区域用黄色突出显示，参与模板结构的碱基用下划线标出。您可以用csv或HTML格式导出“序列视图”以及基本设计结果。
生成报告
您可以为实验室笔记本设计的分析创建演示质量报告，并与同事共享信息。报告显示了引物在序列上的位置，包括备用引物列表，显示引物、放大器和序列属性以及引物设计程序使用的设计参数。
本地和桌面爆炸选项
可以使用本地和桌面BLAST选项针对本地自定义数据库BLAST序列。在您的计算机上创建一个文本或FASTA格式的序列数据库，并从Primer Premier中BLAST查询序列。然后将结果用于引物设计。如果您不想在网络上提交数据或使用未发布的信息，则此支持是尤其有用的。
计算器
内置计算器计算GC %，显示基本计数，并使您能够获得互补和反向互补链。
数据和数据库管理
可以创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。为序列信息和搜索结果维护本地数据库。